問題のある人気ソフトのメンテナンスを放置させるとこうなるという例でしかないのですね。

prefferedLocationで指定するとLayoutによって適切な位置にlocationが設定される

Borderの描画順や、位置・サイズが変わったことの追跡など、ソース書き換えないと対応できないものがあります。

基本的に使われてなく、ResizeActionで変更されるわけでもないので、まったく使い物になりません。 prefferedBoundsを使います。