アノテーションがついたらPOJOじゃないのか？

POJOというのを、特定クラスのextendsや特定インタフェースのimplementsの強制がないことだとすれば、アノテーションがついててもPOJOです。
extends/implementsの強制がないことというのだけは、どんなPOJOの定義でも共通だと思います。
POJOにそれ以上の概念的や思想的な意味をもたせるのであれば、アノテーションがどうこう以前の、そのPOJOの定義がどうなのかという問題なので、別の話ですね。