Javaソースのエンコーディング設定

が、できるようになるようです。
http://blogs.sun.com/katakai/entry/file_encoding_support_in_netbeans

JSPに日本語を使ったときにプレコンパイルができなくなる不具合も対策が始まったようです。
エンコーディングの問題も、ちょっとずつ解決されていきそうです。