JSF+JPAのわかりにくさ

最近JSF+JPA講座やってます。
同時に勉強すると、Web⇔Bean⇔DBという結びつけがどこまで自動でどういうことになってるかがわかりにくいようだ。
特にJPAは自動でやってくれることとやってくれないことの理解が難しいように思います。