アノテーションは単なる注釈

アノテーションって、ぜんぜん特別なものじゃなくて、単なるリフレクションのヒントですね。
処理的には、普通のリフレクション処理をして、アノテーションがついてるならそこから情報をもらう感じです。
リフレクションで情報をもらうだけもらっといて、リフレクションとのズレをアノテーションで解消するだけというか。
EJB3でも、クラス名・プロパティ名がテーブル名・カラム名と一致してればアノテーションいらないっちゃいらないですからね。