editor/libsrc/org/netbeans/editor/DrawEngine.javaのdrawメソッドでdrawGraphicsをいじくるあたりが怪しそう。
こいつに、INPUT_METHOD_HIGHLIGHTでの属性も突っ込んでやれば、ハイライトできるかも。
見てるソースが5.0なので、もしかしたら変わってるかもしれないけど。
追記：う〜ん、やっぱり違うかなぁ。挙動的にはシンタックスハイライトが日本語入力のハイライトを上書きしてるみたいだ。日本語入力モードで「if」とか入れるとハイライトされるし。
