HTML5のせいでFlexがなくなることはないと思いますが、Flexの場合は別の方面から侵食されます。
それはGWTです。
GWTはJavaをJavaScriptに変換するツールで、ようするにJavaでHTML5アプリケーションが書けるようになります。前のエントリで出したhttp://kistools.appspot.com/outlinetool.htmlも、ソースはJavaで書いて、JavaScriptに変換されて動いています。
Flexでは、サーバー側をJavaで書くことも多いと思うのですが、その場合、クライアント側をJava以外で書くよりも、Javaで書いたほうがはるかに楽です。
特に、人を集めて開発を行う場合、サーバー側のJava担当の人に、クライアント側のJavaをいじってもらうということが可能なので、自由度があがります。
「Javaがわかる技術者をn人とFlexがわかる技術者m人」を集めるよりも「Javaがわかる技術者をn+m人」集めるほうが楽です。
また、サーバーとクライアントで人をわけるのではなく、機能ごとに人をわけるということもやりやすくなります。
いまは、GWT用のツールは少ないですが、普通にJavaコードを書けばいいので、コードを書く分には普通にJavaのIDEが使えます。
GWT2.0からは画面レイアウトが別ファイルにできるようになるので、画面デザイナも出てくると思います。
そうすると、今までFlexを選んでいた人が、GWTを選ぶようになることも増えると思います。